晉代又出現了一種新的制曲法，即在酒麴中加入草藥。晉代人嵇含的《南方草木狀》中，就記載有制曲時加入植物枝葉及汁液的方法，這樣制出的酒麴中的微生物長得更好。用這種曲釀出的酒，也別有風味。今天，我國有不少名酒釀造用的小曲中，就加有中草藥植物，如白酒中的高粱酒、桂林三花酒、紹興酒等等。紅麴，是紅麯黴寄生在粳米上而成的曲。紅麯黴雖然耐酸、耐較濃的酒精、耐缺氧，但生長的慢，只有在較高的溫度下才能繁殖，所以成為我國南方福建、廣東、臺灣一帶釀高粱酒的重要酒麴。宋代我國已以能較普遍地製作紅麴了。紅麴製作工藝難度較高，稍有不慎紅麯黴就很容易被繁殖迅速的其它菌所壓倒。無怪明代李時珍讚美說：“此乃窺造化之巧者也。” 高粱酒酒麴的發明，是我們祖先對人類釀高粱酒業的一項重大貢獻。後來傳給日本、印度和東南亞，東方諸國的釀酒方法也就都用酒麴做糖化發酵劑。直到十九世紀末，西方國家在法國人卡爾邁特氏在研究我國釀酒藥曲的基礎上，分離出糖化力強並能起酒化作用的黴菌菌株，用以生產酒精，稱為“阿米諾法”，才突破了釀酒非用麥芽，穀芽製作蘖作糖劑不可的狀況。更晚些時間，德國人可赫氏才發明了用固體培養做微生物製成糖化發酵劑的方法進行釀造，這比我國發明用酒麴釀高粱酒，已經晚了幾千年。想不到長黴的東西竟能為國爭光，但那時的酒麴，也就是曲蘖，是鬆散的發黴發芽的穀粒，所以叫散曲。它含有有用的微生物不很純，糖化和酒化力也不很強，所以釀高粱酒時的酒麴的用量很大。
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